Im Mason Gambit hat Captain Mason nach fünf Jahren in der afghanischen Wüste tragische Nachrichten erhalten und muss in seine Familie zurückkehren. Es gibt zwei Ausgaben: Erstens vermisst er seit drei Jahren und wurde als tot vermutet; Zweitens hat ein seltsames Virus die Stadt getroffen, um die gesamte Bevölkerung auszulöschen.
Vorerst muss er mit einer mysteriösen, verdeckten internationalen Organisation zusammenarbeiten, um herauszufinden, was hier vor sich geht. Nichts auf dem Schlachtfeld hätte Captain Mason jemals darauf vorbereiten können, was er während dieses Spiels begegnen wird.