In Hunter: Space Pirates beginnt die Geschichte mit einem dreijährigen Jungen, der auf mysteriöse Weise von seiner Mutter getrennt ist. Der Junge wird von einem gutherzigen Ehepaar aufgenommen, das um den Verlust seines Sohnes trauert, und er findet Trost in ihrer Obhut. Sein Pflegevater, ein pensionierter Marinekampfpilot mit dem Spitznamen "Viper", inspiriert die Faszination des Jungen für Flugzeuge.
Die Tragödie schlägt jedoch erneut, wenn das Paar sein Leben in einer tragischen Begegnung mit einem Grizzlybären verliert. Jetzt kurz vor der Adoleszenz steht der Junge in ein neues Pflegeheim, wo er sich neben vier Frauen an das Leben anpassen muss. Während er dieses neue Kapitel navigiert, prägen seine Interaktionen mit den Frauen um ihn herum seine Reise der Selbstfindung und des Verständnisses von Beziehungen, Liebe und Identität.